Delatnost VSI “Jagodina” odvija se kroz više organizacionih celina koje su oformljene prema vrsti posla koje obavljaju. Organizaciona šema data je na sledećem organogramu:
Upravni odbor
Direktor
• Kolegijum za kvalitet
• Predstavnik rukovodstva za kvalitet
• Rukodovilac za metrologiju
Sektor za zdravstvenu zaštitu životinja
1. Odeljenje za epizootiologiju i kliničku patologiju
2. Odeljenje za reprodukciju i patologiju reprodukcije
3. Odeljenje za promet farmaceutskih proizvoda za upotrebu u veterini
Sektor za laboratorijska ispitivanja
1. Odeljenje za mikrobiološko ispitivanje namirnica animalnog porekla
2. Odeljenje za kliničku mikrobiologiju i parazitologiju
3. Odeljenje za serološka ispitivanja
4. Odeljenje za molekularnu dijagnostiku
Odeljenje za finansijsko-računovodstvene poslove
Odeljenje za prijem uzoraka, pripremu podloga, pranje i sterilizaciju